超时默认制度是指在合同中规定一方在未按时履行合同义务时，对方有权要求支付一定违约金或补偿金的制度。为确保超时默认制度的公平性和透明度，可以采取以下措施：
1.明确约定：在合同中明确规定超时默认制度的具体内容，包括超时期限、违约金或补偿金的数额、违约方的救济措施等，确保各方对制度有清晰的认识。
2.合理设置违约金：违约金的数额应当合理，既能够起到约束作用，又不至于过高导致不公平。可以根据合同价值、违约行为的影响程度等因素来确定违约金的数额。
3.公开透明：在签订合同时，应当向各方充分解释超时默认制度的内容和运作方式，确保各方对制度的了解和认同。同时可以在合同中注明任何一方对制度有异议时的救济途径。
4.合理适用：在实际操作中，要根据具体情况合理适用超时默认制度，避免滥用或歧视性操作，确保制度的公平性。
案例分析：例如在房地产开发项目中，开发商与施工方签订合同，约定了施工方在工期内完工，否则需支付一定违约金。施工方因为天气原因延误工期，开发商按照约定收取了违约金。这个案例中，双方在合同中明确了超时默认制度，合理设置了违约金，并在实际操作中公平适用，确保了制度的公平性和透明度。