在确保超时默认制度的公平性和公正性方面，可以采取以下方法：
设立明确的规则和标准：在实施超时默认制度之前，必须确立清晰的规则和标准，包括超时的定义、超时时限、超时处理方式等，以避免主观判断和不公平对待。
提前告知相关方：在合同或协议中明确约定超时默认制度，并提前告知相关方，确保各方对超时处理机制有清晰的认识。
强调合作和沟通：在实施超时默认制度时，应强调合作和沟通，允许相关方在超时发生前提出理由并协商解决方案，以减少不必要的纠纷和争议。
采取公正的处罚措施：对于超时行为，必须采取公正、公平的处罚措施，如按照合同约定进行赔偿或补偿，而不是随意扣罚或惩罚。
定期审查和调整：定期审查超时默认制度的执行情况，对于存在争议或不公平的情况及时调整规则和标准，以不断提升公平性和公正性。
案例说明：某公司在合同中约定了超时默认制度，但由于规则不清晰和执行不公正，导致与供应商产生分歧。公司在经过沟通和调解后，重新制定了明确的超时处理规定，并建立了监督机制，确保超时处理的公平性和公正性。